C’est en 1993 que Michel Sebillotte rédige, à la demande de Guy Paillotin, alors Président de l’INRA, le rapport « Avenir de l’Agriculture et Futur de l’INRA ». Il y suggère que l’INRA utilise des méthodes novatrices pour traiter de nouveaux problèmes auxquels l’Institut doit se confronter : le développement régional, le rapport aux partenaires de la recherche, la recherche impliquée... et pointe l’ambigüité de la référence à la demande sociale. Il définit à ce sujet la matrice initiale des Programmes PSDR, en mettant l’accent sur les relations avec les acteurs/partenaires, le lien au réel et au terrain, ainsi que l’attention portée à la co-construction des recherches.

Suite à ce rapport est créée en 1993 la DADP (Délégation Permanente à l’Agriculture, au Développement et à la Prospective), une délégation de l’INRA mais également un dispositif national qui se déploie sur trois Régions françaises (Languedoc - Roussillon, Pays de Loire et Rhône - Alpes), en partenariat avec les acteurs locaux. La DADP en Régions est un programme interdisciplinaire, dont l’objectif consiste à développer des recherches permettant de mieux comprendre les mécanismes du Développement Régional pour mieux aider à la décision des acteurs locaux, et à réfléchir à de nouveaux modes de travail de la recherche avec les partenaires locaux.

Les principes de base du Programme et des projets reposent sur une série de points cruciaux, qui tracent le génome de PSDR et définissent une filiation qui ne s’est pas démentie jusqu’à aujourd’hui :
- l’objet central d’étude est le Développement Territorial (le Développement Régional est conçu comme un Développement Territorial appréhendé dans un cadre et avec des acteurs régionaux) ;
- le périmètre d’action concerne tous les éléments en interaction forte avec l’agriculture et l’agro-alimentaire (on ajoutera dans des générations ultérieures le rural et l’aménagement de l’espace) ;
- les recherches menées sont de nature pluri ou inter disciplinaires ;
- elles impliquent aussi bien des chercheurs des Sciences Humaines et Sociales que des Sciences biotechniques ;
- les Programmes et projets marquent une ouverture à toutes les institutions de recherche, sans exclusive ;
- les projets reposent sur une implication conjointe des chercheurs et des acteurs et porteurs d’enjeux ou parties prenantes au niveau local :

Le partenariat institutionnel et le cofinancement des recherches par les Régions apparaisent comme centraux et donnent corps au projet d’ensemble. Sur cette base sont lancés, en 1996, les Programmes en Région, qui reposent sur des conventions avec les partenaires régionaux dans les trois Régions pilotes : Languedoc - Roussillon, Pays de Loire et Rhône - Alpes. Le Programme DADP1 se déroule de 1996 à 2001 et se clôture par un Symposium national en Janvier 2000.

Avec le passage de témoin à Amédée Mollard et Jean Boiffin la deuxième génération (Programme PSDR 2) se déploie sur cinq Régions. Bourgogne et Midi Pyrénées viennent s’ajouter au groupe précédent et les recherches mobilisent 393 chercheurs (doctorants inclus), dont 1/4 de non INRA. Les 5 programmes régionaux autonomes, dotés de structures spécifiques liées à une histoire, des contextes et identités très différents, reposent sur une coordination nationale des procédures (inter-cellule, séminaires et symposiums annuels, valorisation conjointe,…) mais des calendriers différents et une restitution des résultats propre à chacune des régions.

Les 76 projets (56% en sciences sociales et 44% dans les sciences biotechniques) se rassemblent selon quatre grands axes de recherche, avec un poids relatif variable selon les régions :
· Développement régional et processus de production agricole et systèmes de production durables ;
· Approches régionales de l'environnement et de la gestion des espaces ruraux, dont multifonctionnalité ;
· Produits, firmes, filières agro-alimentaires, qualité et territoires ;
· Dynamiques territoriales et régionales, politiques publiques, réseaux d’acteurs.

Le programme se termine par le Symposium national de Lyon, en Mars 2005. Il est suivi par une évaluation soulignant différents acquis du programme, à conserver et amplifier dans l’avenir :
· La co-construction de la recherche avec les acteurs
· La construction des questions de recherche et des solutions en partant des préoccupations de chaque région
· L’ouverture interdisciplinaire et interinstitutionnelle
· Le pilotage et l'animation du programme, avec une bonne coordination nationale
· La qualité des résultats scientifiques (publications) et le lien à l'enseignement (dont les thèses)
· L’importance des actions de valorisation et de transfert

Sur ces bases se met en place, sur la période 2007 – 2011, la troisième génération des Programmes PSDR, avec dix régions maintenant. Aujourd’hui pilotée par André Torre et Frédéric Wallet, elle repose sur deux grands principes fondamentaux :
- une permanence d’objectifs et de principes de base (partenariat, interdisciplinarité, projets, évaluation...) ;
- une souplesse dans le renouvellement des méthodes et la refondation des modes de partenariat, d’analyse et d’évaluation des impacts sur le Développement Territorial et Régional.