Le programme PSDR 3 est organisé conjointement par l'Inra, le Cemagref et le Cirad en partenariat avec les Conseils Régionaux de 10 régions : un ensemble "Grand Ouest" composé de quatre régions (Basse- Normandie, Bretagne, Pays de la Loire et Poitou-Charentes) et six autres régions (Aquitaine, Auvergne, Bourgogne, Languedoc-Roussillon, Midi-Pyrénées, Rhône-Alpes). Il prévoit deux appels à propositions de recherches : le premier appel a eu lieu en avril 2007. Ce deuxième appel est à rendre au plus tard le 2 janvier 2008 et bénéficiera d'un financement à partir de 2008. Au total, PSDR3 est doté de près de 10 millions d’euros pour quatre ans et devrait soutenir de 40 à 50 projets de recherche. La réponse à ce deuxième appel doit être faite dans un formulaire unique pour toutes les régions. Le calendrier plus précis du programme et les règles communes à toutes les régions se trouvent p 10 et annexe II.
Ce texte présente d'abord les enjeux et objectifs communs de PSDR3 ainsi que les critères d'éligibilité et de sélection des projets. Puis il détaille région par région les orientations et les thématiques qui leur sont propres ; en indiquant, le cas échéant les thématiques couvertes par le premier appel. Les annexes présentent des éléments d'information complémentaires pour la mise en œuvre des projets de recherche.
La réponse à ce deuxième appel doit être faite dans un formulaire unique pour toutes les régions. - 22 octobre 2007: ouverture du 2° appel à projets 2008
- 2 janvier 2008 : clôture de la réception des projets 2008
- 13 et 14 mars 2008 : Evaluation scientifique des projets par le CS (sur la base de 4 expertises)
- 27 mars 2008 : avis de synthèse du CS sur les projets (travail en bureau)
- Début avril 2008 : transmission des avis et de la liste des projets classés A, B ou C aux Comités de pilotage régionaux.
- Financement prévu dès juillet 2008

Le calendrier du programme et les règles sont communes à toutes les régions. Elles sont déclinées dans le texte de l’appel. L’évaluation scientifique des projets est de la responsabilité du conseil scientifique du programme. Il évalue les propositions de recherche sur la base de 4 expertises (dont celles de deux experts extérieurs au conseil) selon les critères définis dans l’appel. Il émet pour chaque projet un avis de synthèse et établit un classement des projets (A, B, C) qui est envoyé aux comités de pilotage des régions. Le comité de pilotage régional fait son choix parmi les projets classés A et B en lien avec un membre présent du conseil scientifique. En ce qui concerne les projets interrégionaux, une procédure commune aux comités des régions concernées est définie.