Le programme PSDR 3 est organisé conjointement par l'Inra, le Cemagref et le Cirad en partenariat avec les Conseils Régionaux de 10 régions : un ensemble "Grand Ouest" composé de quatre régions (Basse- Normandie, Bretagne, Pays de la Loire et Poitou-Charentes) et six autres régions (Aquitaine, Auvergne, Bourgogne, Languedoc-Roussillon, Midi-Pyrénées, Rhône-Alpes).

Il prévoit deux appels à propositions de recherches : le premier en 2007 (avec une réponse pour le 16 avril). Un deuxième appel à propositions est prévu fin 2007 pour un financement à partir de 2008, avec une ouverture à certaines régions du Sud. Au total, le financement de PSDR3 à égalité entre les organismes de recherche et les Conseils régionaux s'élève à environ 9.5 millions d’euros pour quatre ans et devrait soutenir environ 50 projets de recherche. Cet apport n'est pas exclusif d'autres financements complémentaires.

La réponse à ce premier appel doit être faite dans un formulaire unique pour toutes les régions. Le calendrier du programme et les règles sont communes à toutes les régions. Le texte de l'appel à proposition de recherche présente d'abord les enjeux et objectifs communs du troisième programme de recherches "Pour et sur le développement régional", PSDR3, ainsi que les critères d'éligibilité et de sélection des projets. Puis il détaille région par région les orientations et les thématiques qui leur sont propres. Les annexes présentent des éléments d'information complémentaires pour la mise en œuvre des projets de recherche. - 19 février : publication et diffusion de l'appel à projets 2007
- 16 avril : clôture de la réception des propositions de projets
- 07 et 08 juin : évaluation des projets par le Conseil scientifique
- mi juin : transmission des avis des projets et de la liste des projets classés (A,B ou C)aux comités de pilotage régionaux.
- courant juillet : les comités de pilotage régionaux choisissent les projets pour financement.

Le calendrier du programme et les règles sont communes à toutes les régions. Elles sont déclinées dans le texte de l’appel. L’évaluation scientifique des projets est de la responsabilité du conseil scientifique du programme. Il évalue les propositions de recherche sur la base de 4 expertises (dont celles de deux experts extérieurs au conseil) selon les critères définis dans l’appel. Il émet pour chaque projet un avis de synthèse et établit un classement des projets (A, B, C) qui est envoyé aux comités de pilotage des régions. Le comité de pilotage régional fait son choix parmi les projets classés A et B en lien avec un membre présent du conseil scientifique. En ce qui concerne les projets interrégionaux, une procédure commune aux comités des régions concernées est définie.